Molecular characterization of Human Rotavirus Strains circulating among Children less than 5 years attended with Diarrhea to Mohammed Alamin Hamid Pediatric Hospital, Khartoum.

Abstract

Abstract Rotavirus is the leading cause of severe acute diarrhea in children throughout both developed and developing countries. Every year, rotavirus is estimated to cause 500,000 deaths worldwide among children aged less than 5 years, with 80% of these deaths occurring in developing nations. The aim of the study is to characterize human rotavirus strains circulating among children below 5 years of age presented with Diarrhea to Mohammed Alamin Hamid Pediatric Hospital using molecular methods. Descriptive cross-sectional analytical hospital based study was conducted and a total of 150 fecal specimens from children less than 5 years were collected and analyzed. The samples were screened for rotavirus using antigen based enzyme immune-sorbent assay (ELISA), genotyping was done by RT-PCR to determine rotavirus genotypes using specific primer sets targeting VP7 gene. The study revealed that the highest percentage of rotavirus infection was among age of 13-24 months. This study emphasizes that the rate of Rotavirus infection in males is nearly equal to females. The study found that the prevalence of rotavirus attributed diarrhea is 28%, and G2 genotype was the predominant type that circulates among vaccinated children, while G1 genotype is the predominant type that circulates among nonvaccinated children. The study concluded that the reduction of G1 genotype among the immunized children reflecting the effectiveness of immunization and the existence of uncommon rotavirus strains such as G3 and G9 will provides baseline data for future vaccine studies. المستخلص فيروس الروتا هو السبب الرئيسي الأول للأسهال الشديد الحاد لدي الأطفال الموجودين في الدول المتقدمة والدول النامية معا. سنويا يتسبب فيروس الروتا في 500000 حالة وفاة في الأطفال الذين أعمارهم أقل من 5 سنوات، وتحدث 80% من هذه الوفيات في الأمم النامية. الهدف من الدراسة هو توصيف سلالات فيروس الروتا البشري الجائلة في الأطفال الذين أعمارهم أقل من خمسة أعوام بمستشفى محمد الأمين حامد للأطفال المصابون بالاسهال باستخدام الطرق الجينية. أجريت هذه الدراسة المقطعية التحليلة بجمع 150 عينة براز من أطفال أعمارهم أقل من خمسة سنوات في مستشفى محمد الأمين حامد للأطفال وتمت تحليلها. تم فحص العينات باستخدام تقنية ألأليزا (ELISA) وتم التنميط الجيني بواسطة RT-PCR لتحديد مورثات فيروس الروتا باستخدام مجموعات (primers) النمط الجيني المحدد تستهدف الجين VP7. أوضحت الدراسة أن النسبة الأكبر من أصابات فيروس الروتا تكون في المدى العمري 13-24 شهرا. كما بينت الدراسة معدل الأصابة بالروتا في الأطفال الذكور تقريبا تساوي معدل الأصابة في الأطفال الأناث. كما أظهرت الدراسة أن نسبة الأسهالات التي يسببها فيروس الروتا تقريبا 28% وأن السلالة الجينة G2 هي السلالة السائدة بين الأطفال المحصنين ضد فيروس الروتا، بينما السلالة الجينية G1 هي السائدة بين الأطفال غير المحصنين ضد فيروس الروتا. وخلصت هذه الدراسة الى أن الانخفاض في معدل سلالة G1 في الأطفال المحصنين يعكس مدى فعالية التحصين وظهور بعض السلالات الغير معتادة مثل سلالة G3 و G9سوف يوفر قاعدة بيانات للدراسات المستقبلية للتحصين.